Behalve in de grootstedelijke projecten die worden uitgevoerd door Stek, met projecten en vanuit locaties, en behalve het werk dat wordt uitgevoerd via de diaconieën van de wijkgemeenten, verleent de Diaconie structurele steun aan verschillende organisaties en projecten die zich in Den Haag bezighouden met bestrijding van armoede en sociaal isolement en met verbetering van de leefbaarheid in de stad:
Stichting SIV: vakanties voor mensen met een lichamelijke beperking.
Stichting Exodus Den Haag, opvang en begeleiding van ex-gedetineerden en mensen in de laatste fase van hun detentie.
De Oecumenische vereniging voor Aandacht en Ontmoeting (Aandachtscentrum), het oudste inloopcentrum van de stad, oecumenisch opgezet, in hartje Den Haag.
Stichting Straatpastoraat, hulp en begeleiding van mensen die een groot deel van hun dagen en nachten doorbrengen op straat of in de maatschappelijke opvang.
Stichting Samenwerkende Sociale Fondsen, gebundelde individuele hulpverlening in Den Haag.
Kerk in Den Haag(oecumenisch magazine over geloven en leven in Den Haag).